硫酸化グリコサミノグリカン(GAG)

コンドロイチンは硫酸化グリコサミノグリカン(GAG)である（図2）。ヒアルロン酸（HA）と同様に、この分子にはグリコシド結合で結ばれた2糖単位の繰り返しがあり、それぞれの糖（例えば、グルコース、ガラクトース、マンノース）とアミノ酸（セリンまたはヒドロキシプロリン）から構成されている。コンドロイチンでは、ガラクトースとN-アセチルガラクトサミンという糖が交互に並んでいる。コンドロイチンの繰り返し単位数は可変であり、通常250から500の範囲である。コンドロイチンは水との親和性が非常に低く、その結果、軟骨の構造にほとんど影響を与えず、軟骨に容易に浸透しないが、皮膚や脳を含むすべての結合組織中に広がっている。コンドロイチンはGAGであり、ヒアルロン酸の硫酸基を持っているため、体内の様々な細胞でヒアルロン酸と競合する。

HAと同様に、コンドロイチンも同じ構造の分子が鎖状につながったものである。個々の鎖状分子は多糖類と呼ばれ、その長さは数十万分子単位とかなり長くなることもある。コンドロイチンは、ガラクトサミンとグルクロン酸またはイデュロン酸の2糖単位の繰り返しからなり、2つの単糖はカルボキシル基を介して結合している。

腱、軟骨、骨、靭帯、筋肉、軟骨組織などに存在する。コンドロイチンは、特に眼球に多く存在し、硝子体液に含まれる。

2つのランダム化比較試験で、膝の痛みに対するコンドロイチン対プラセボの効果が検討された。最初の研究では、コンドロイチンはプラセボよりも効果がないことが判明した。これは、コンドロイチンの有効性について平均よりも高い評価を報告する研究者（金銭的利害の対立があった）のバイアスに起因していた。27] Institute of Medicineによるレビューは、コンドロイチンが膝痛の治療に有効であるという弱い証拠があると結論づけた

抗炎症薬であるジクロフェナクと併用したコンドロイチンの効果を、ジクロフェナク単独での治療と比較した試験がある。